1607 — настоятелем монастыря был игумен Пимен, записанный в Синодике «сожженным». При нем был соправитель старец Арсений Колтовский.
1607 — по повелению царя Василия Иоанновича Шуйского в обитель принесен чудотворный образ Царевича Димитрия.
Следующим настоятелем монастыря был игумен Савватий.
1614 — настоятелем монастыря был игумен Иосиф.
1618-1625 гг. — настоятелем монастыря был игумен Кирилл. «Поступил nocле в архимандрита в Московский Чудов монастырь. Этот настоятель имел особенное усердие и заботу об улучшении обители. Он расположил благочестивого Монарха обратить всемилостивейший взор на обитель. И поступив в Чудов монастырь, он и здесь много действовал на пользу обители Владычней».
1628 — настоятелем монастыря поставлен игумен Фома.
1629-1633 — настоятелем монастыря был игумен Феодосий.
1634-1647 — настоятелем монастыря был игумен Иона.
1649-1650 — настоятелем монастыря был игумен Стефан. «От времен его управления монастырем сохранилась в монастыре церковная опись (1649 г.). Она представляет монастырь хотя не в богатом состоянии, но в довольно благоустроенном виде, братии в ней поименовано 29 человек».
1653 — настоятелем монастыря поставлен игумен Макарий.
1656 — настоятелем монастыря поставлен игумен Герасим.
1661-1683 — настоятелем монастыря был игумен Игнатий.
1683-1686 — настоятелем монастыря был игумен Давид.
1686-1691 — настоятелем монастыря был игумен Александр.
1691-1697 — настоятелем монастыря был игумен Рувим.
1698-1720 — настоятелем монастыря был игумен Симеон.
