1536 г. — настоятелем в монастыре поставлен игумен Мисаил. (О предыдущих настоятелях можно почерпнуть сведения «в Синодике монастырском, заведенном в 1588 г.» В нем записаны следующие настоятели монастыря: «Помяни Господи душа игумены св. обители сея, преставльшихся в православной вере, и покой их, Господи, в жизни вечной: игумена Мисаила, иг. Александра, … иг. Васьяна, иг. Данила, иг. Афанасия, иг. Варсонофия, иг. Сергия, иг. сожженнаго Пимина, иг. Иосифа, иг. Ионы, иг. Иосифа, иг. Ионы. иг. Феодосия, архимандрита Иосифа, иг. Ионы». После приписано: «священноигумена Савватия, иг. Герасима, архим. Зосима, иг. Игнатья». В самом древнем акте монастыря 1556 г. встречаются имя игумена Спиридония, правившего монастырем при Великом князе Василии Иоанновиче (отце Грозного).)
1551 г. — настоятелем в монастыре поставлен игумен Феодосий.
1551-1559 гг. — настоятелем монастыря был игумен Дионисий.
Иван1556 — царь Иоанн В. Грозный, жалуя монастырю льготную грамоту, говорит: «понеже тот монастырек убогий».
1572-1580 гг. — настоятелем монастыря был игумен Варсонофий.
1584-93 гг. — настоятелем монастыря был игумен Сергий.
1593 г. — грамота царя Феодора Иоанновича, которою он жалует монастырю мельницу на церковный ладан и фимиан, говорится: «а опричь тое мельньцы в том монастыре иных промыслов и вотчинных земель нет ничево, и прокормить де ся им нечим».
1598 г. — бескровная победа русских войск князя Бориса Годунова над войсками татарского хана Казы-Гирея на реке Оке под стенами Владычнего монастыря.
1598-1599 гг. — «настоятельствовал однакож строитель Вассиан Ладыженский, построивший храм над св. воротами — во имя св. Феодотия Анкирского. Настоятельство сего строителя было особенно благотворно для обители, как по той любви, какую он сам питал к ней, и которую умел внушить родной семье своей, так и по тем пожертвованиям, какие приносил в пользу обители сам он, и фамилия Ладыженских».
1598 – 1609 гг. — полная перестройка монастыря на средства Бориса Годунова в честь бескровной победы на реке Оке. Перестройка охватила все без исключения здания: расширен Введенский собор, построен двухъярусный храм в честь св. вмч. Георгия, монастырь обнесен каменной крепостной стеной с башнями и церковью над Святыми вратами в честь св. мч. Феодота Анкирского (1599г).
